（一）综合科。负责机关日常运转工作，承担政务公开、保密（机要、值班）、会务、考核、新闻宣传、档案管理、建议提案办理、信访稳定、后勤保障等工作。负责机关制度建设并组织实施。负责水利系统党群、精神文明建设工作。负责干部人事、劳动工资、离退休人员工作。负责对外交流合作及水利科技等工作。负责财务管理、内部审计工作。负责统筹水利扶贫工作。

（二）规划建设科。组织编制全县水利战略规划、中长期规划、综合规划、流域规划和重大专项规划。归口管理水利专业和专项规划编制工作。指导编制、审查、申报水利综合规划、专业规划、专项规划。负责水利固定资产投资和建设项目前期工作投资计划的统筹管理。负责水工程建设项目合规性审查。组织指导水利建设项目前期工作，负责拟订水利固定资产投资（含专项基金）的规模、方向，提出项目安排和年度计划建议。负责组织实施水利投资项目投资计划执行稽察和整改落实情况的监督检查。

指导水利建设项目后评估。承担水利普查、统计工作。负责水利技术工作。建立并动态管理水利技术专家库。组织实施建设项目规划、初步设计（实施方案）、水利行政许可事项的技术审查以及水利工程建设和运行管理重大技术审查。承担防御洪水应急抢险的技术支撑工作。指导和组织编制、申报水利基本建设项目建议书、可行性研究报告和初步设计（实施方案）。负责全局性水利改革统筹协调。组织开展水利改革和发展专题（课题）研究。

组织指导水行政管理体制改革有关工作。负责指导水利工程建设管理及造价管理，制定有关制度并组织实施。负责指导水资源、水生态、水环境、水灾害统筹治理工程的建设管理。负责按权限组织实施水利工程验收。负责指导全县水利水电工程建设的质量监督管理工作。负责实施水利建设市场的监督管理和水利建设市场信用体系建设。

（三）水利水电科。负责农村水利工作，组织拟订农村水利发展规划并监督实施。指导实施村镇供水、大中型灌排、节水灌溉等工程的建设、改造和运行维护管理。指导农村水利社会化服务体系建设。组织编制农村水能资源开发规划，组织开展水能资源调查评价。组织指导水电农村电气化、农村水电增效扩容改造以及小水电代燃料等农村水能资源开发工作。按规定权限负责水能资源开发使用出让、水利水电初步设计（实施方案）文件、迁移损坏水利工程设施、占用影响农业灌溉水源或灌排工程设施、水利工程改变主要用途或还耕的许可审批。负责水利设施的管理、保护和综合利用；负责水利工程管理体制改革工作。监督实施水库大坝及水闸的注册登记、水库大坝安全鉴定和监测。组织编制水库运行调度规程。指导水库、水电站大坝、堤防水闸等水利工程的运行管理与划界。负责水利工程移民安置管理工作。组织实施水利工程移民安置验收、监督评估等制度。审查水利工程移民安置规划和年度计划。承担新增水利工程（水库）移民后期扶持人口审核、登记和申报工作。组织编制全县水库移民后期扶特规划并组织实施。组织开展水库移民后期扶持政策执行、监测评估及绩效评价。调查研究移民后期扶持政策实施中的重大问题并提出建议意见。

（四）水资源科（巫溪县节约用水办公室）。实施最严格水资源管理制度相关工作，按权限组织实施取水许可、水资源论证、用水总量控制等制度。指导开展水资源有偿使用工作，按权限实施水资源费征收制度。指导水量分配、河流生态流量水量管理并监督实施。组织编制水资源保护规划，指导饮用水水源保护有关工作。指导地下水开发利用和地下水资源管理工作。参与编制河流水功能区划，指导入河排污口设置管理工作。执行节约用水政策，组织编制并协调实施节约用水规划。组织指导计划用水、节约用水工作。组织实施用水效率控制制度和定额管理制度。指导和推动节水型社会建设工作。指导城市污水处理回用等非常规水源开发利用工作。承担跨流域水资源供需形势分析，提出水资源供需总量平衡的意见，指导水资源调度工作并监督实施，负责拟订调水工程年度供水计划并组织实施。指导调水工程前期工作。

指导监督跨区域跨流域调水工程的调度管理等工作。负责全县水土保持工作，负责全县水土流失调查、综合防治、监督管理和监测评价、预报、公告工作。组织编制全县水土保持规划并监督实施。按权限组织实施生产建设项目水土保持方案制度和水土保持补偿费征收制度。

（五）生态建设科（巫溪县河长制办公室）。牵头负责水生态建设工作。负责全县推进河（库）长制工作的协调、督导考核等具体工作。起草拟订河（库）长制管理制度，承办县级总河长会议，落实县级总河长、副总河长确定的事项。拟订并分解河（库）长制年度目标任务，并监督实施。负责全县水文工作。负责本区域水文事业发展规划的编制和组织实施。负责指导实施全县水文水资源（含水位、流量、泥沙、水质等要素）监测工作。负责指导实施县级水文站网建设和管理。负责指导江河湖库和地下水监测。指导河道水域及其岸线的管理和保护工作。组织指导河道管理范围划定，组织编制河流自然岸线保护与利用规划并指导实施。

指导河流、水库、滩涂的开发、治理和保护。负责河道采砂监督管理。负责河道采砂规划和计划的编制并监督实施。负责实施河道砂石资源有偿使用制度。负责实施河道采砂、蓄滞洪区避洪设施建设、洪水影响评价（含非防洪建设项目洪水影响评价）及河道管理范围内有关活动的许可工作。负责落实综合防灾减灾规划相关要求、组织编制洪水干旱灾害防治规划和防护标准并指导实施。组织编制河流、水库和重要水工程的防御洪水抗御旱灾调度和应急水量调度方案，按程序报批并组织实施。负责水利行业水旱灾害防治的监督管理。指导河流水生态保护与修复及河流水系连通工作并监督实施。承担日常水情旱情监测预警工作。负责水利系统生态文明建设、环境保护、水污染防治的日常工作。承担县河长制办公室日常工作。

（六）行政监督科（行政审批科）主要职责是：负责督促贯彻落实水利重大政策、决策部署和重点工作，参与水利投资项目稽察和整改落实情况的监督检查。负责综治、信访稳定，制定全县水利安全生产管理制度、计划并监督实施。组织实施水利工程安全监督。负责水利行业安全生产工作，负责水库、水电站大坝、农村水电站的安全监管。依法参与水利质量、安全事故的调查处理。承担行政审批制度改革工作。指导、规范行政审批并监督实施。按照“三集中、三到位”的要求，相对集中本部门行政审批事项的受理和审批工作，会同有关科室开展水行政审批工作。

负责本部门行政审批窗口管理工作。指导起草水利行业政府规范性文件草案，研究拟订水利工作的政策并监督实施。负责机关规范性文件和水利行政许可审批项目的合法性审查，负责办理相关合法性事务。负责组织开展水政监察规范化建设，指导水政监察工作，负责水行政执法监督工作。负责水法规体系建设和水利系统法制建设，组织拟订水利普法规划和年度计划并监督实施。负责水利全面深化改革和依法治县工作。负责行业法律法规的宣传贯彻执行，维护正常水事秩序；调查处理水事违法行为；配合相关部门开展水事案件查处，及时向上级报告重大水事案件。