巫溪县境内现有藻类植物8门，31科，55属，145种（含变种），维管植物共计184科，884属，2807种。维管植物中，蕨类植物36科69属231种，裸子植物6科，19属，32种；被子植物种类数量最多，共计有145科，796属，2544种，分别占保护区总科、属、种数的77.17%、89.80%、90.89%，其中双子叶植物125科，632属，2157种，单子叶植物20科，164属，387种。其中，国家级珍稀保护植物45种，31科41属。巫溪县境内天然植被包括常绿阔叶、针叶林和落叶阔叶林、针阔混交林、暗针叶林、灌丛及草甸。随海拔高度变化，垂直带谱明显。海拔在800米以下地区主要为榆、柏、女贞、泡桐、栾树、檫木、马桑、黄荆、油桐、白杨以及刺槐等树种；海拔在800—1500米之间的地区多为柏树、马尾松、栓皮栎、麻栎等栎类树种以及杉木、核桃、杜仲、厚朴等经济树种，林下灌丛为枹栎、铁仔、马桑、黄荆、杜鹃等；海拔在1500—2100米之间上下界限不甚明显，针叶树主要有华山松、油松、巴山松等，阔叶树有鹅耳枥、槭树、水青冈、山杨、椴树、亮叶桦以及核桃、漆树等；海拔在2100米以上地区有冷杉、冷（云）杉、巴山冷杉、华山松、油松以及漆树，阳坡地区还有小片桦树林和山杨林，林下有箭竹、大叶杜鹃、蔷薇等灌木。